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En Loggro no tenemos un manejo directo para los pagos que se realizan a través de entidades como PAYU o Mercado Libre, en este caso puedes realizar el proceso de la siguiente forma:
- Crear una cuenta bancaria a nombre por ejemplo de Mercado Libre.
Recuerda que esta creación la realizas por Configuración → Cuentas Bancarias y Tarjetas.
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Registras la Factura de Venta como normalmente lo haces y al momento de recibir el pago, en el medio de pago indicas que el dinero ingresó a esa cuenta que creaste para Mercado Libre.
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Te diriges al módulo de Bancos y haces un Traslado de la cuenta de Mercado Libre a la cuenta bancaria de tu empresa como tal (dejando en dicha cuenta la comisión y lo demás que te cobre Mercado Libre por la transacción).
Ahora, en cuanto a las comisiones pueden ocurrir dos situaciones:
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Si Mercado Libre te genera alguna factura con las comisiones: Luego de realizado el proceso anterior debes generar la Factura de Compra por ese restante de la comisión y para pagar utilizas esa cuenta bancaria de Mercado Libre para que salga el dinero.
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Si no se te genera una factura por las comisiones: Se realiza un egreso por concepto de Otros Egresos por los respectivos conceptos (comisiones, costos de envío, etc).
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A continuación te mostraremos con un sencillo ejemplo:
La factura al cliente es por $119.000, estos ingresan a la cuenta de Mercado Libre cuando recibas el pago.
Luego, haces el traslado por ejemplo de $109.000 a la cuenta bancaria propia de la compañía y te quedan $10.000 en la cuenta bancaria de Mercado Libre, que en este caso serían la comisión y el envío. 
Para la comisión: Si tienes la factura de compra donde se asocia la comisión, la registras por el valor respectivo, en este caso $5.000 y para pagar lo haces relacionando la cuenta de Mercado Libre. 
Finalmente te quedan $5.000 en esa cuenta que son del envío, entonces por Compras → Egresos, haces un egreso por concepto de Otros Egresos.
